La Universidad del Istmo inicia los trámites para la puesta en práctica del Proceso de Acreditación en el 2012, desarrollando cada una de las etapas que conlleva la Acreditación Institucional ante el ente regulador el Consejo Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria de Panamá (CONEAUPA). Entre los meses de octubre y noviembre de 2012, se da paso a la etapa de Evaluación Externa donde la universidad se expone a la visita in situ de cinco pares evaluadores internacionales, los cuales, bajo los criterios legales de Panamá, evaluaron el cumplimiento que sostiene la Universidad del Istmo ante los parámetros de acreditación.
A inicios del 2013, el ente regulador CONEAUPA evalúa el Informe de Autoevaluación Institucional y el Informe de Evaluación Externa, identificando oportunidades de mejoras significativas, las cuales dieron origen a la presentación del Plan de Mejoramiento Institucional (PMIA). Este documento es nuevamente evaluado y mejorado dando paso al Plan de Mejoramiento Institucional Ajustado (PMIA), conforme a la aprobación de lo plasmado y el compromiso adquirido por la Universidad del Istmo; en pro de ello, el CONEAUPA a través de la Resolución N°4 de 24 de enero de 2013 otorga la Acreditación Institucional por un periodo de seis (6) años.
Para abril del 2014, se hace entrega del primer informe de seguimiento al cumplimiento del Plan de Mejoramiento Institucional Ajustado (PMIA-2013), con todas las evidencias correspondientes.
Mientras que para el 2015, se planifica, coordina y ejecuta la primera Visita in Situ de los expertos representantes de la Comisión Técnica de Evaluación y Acreditación, y se hace la entrega correspondiente al segundo informe de seguimiento al cumplimiento del PMIA-2014.
En el 2016, se expone nuevamente el Plan de Mejora Institucional Ajustado PMIA correspondiente a la ejecución de los proyectos y actividades de cada Factor. Este documento, recoge un total de 19 proyectos, distribuidos en 117 actividades, correspondientes a los cuatro (4) Factores de la Matriz de Autoevaluación Institucional de CONEAUPA.
Realizados estos ajustes al PMIA, en abril de 2017 se presenta el cumplimiento de las 117 actividades a través del tercer informe de seguimiento al PMIA-2015.
La Universidad del Istmo asumiendo el compromiso de garantizar el cumplimiento de los estándares e indicadores de calidad y de acuerdo con el modelo de evaluación y acreditación, en el 2017 recibió además la segunda visita diagnóstico de la Comisión Técnica de Evaluación y Acreditación (CTEA) en el mes de agosto, donde se llevó de manera conjunta con la universidad, un análisis sobre el nivel de cumplimiento. Como parte de la metodología de trabajo, previo a la visita in situ, se realizó la revisión y análisis individual de los Informes Anuales de Cumplimiento 2015 y 2016, las evidencias por factor y el Plan de Mejoramiento que la Universidad entregó a CONEAUPA, lo que permitió verificar el cumplimiento de las actividades planificadas, y que la Comisión Técnica de Evaluación y Acreditación recolectara antecedentes complementarios que los llevó a comprobar que la Universidad cumplió con los indicadores formalmente establecidos para el aseguramiento de la calidad, según lo definido en la Matriz de Evaluación y Acreditación Institucional Universitaria (componentes, subcomponentes, criterios de calidad, indicadores y estándares).
En 2018 la Universidad del Istmo da cierre al PMIA2013-2017, el cual fue el resultado de muchas horas de reflexión y trabajo de todo el equipo responsable, a quienes se les encomendó la labor de hacer cumplir las actividades y evidenciar el avance cada año. Es así como se constituye el resultado de este proceso participativo, sistemático y transparente, con el que la institución asumió la responsabilidad de evaluar y analizar los logros, enmarcando las tareas en el deber de producir conocimiento y orientándola satisfactoriamente hacia el mejoramiento continuo.
Durante los años que siguieron la institución mantuvo su continua revisión y mejora en pro de la calidad de sus procesos.
En el 2021 se retoma el proceso de manera oficial ante el llamado del CONEAUPA para dar inicio a la Autoevaluación con fines de Reacreditación Institucional.