La Universidad del Istmo tiene identificadas Líneas de Investigación prioritarias, de acuerdo a criterios de pertinencia para el país, los programas académicos ofrecidos por las Facultades y fortalezas investigativas de la institución.
*: Líneas definidas por la universidad en febrero de 2022. La sistematización que se presenta en la tabla corresponde a los temas en marcha y propuestas en la Universidad del Istmo, así como su correspondencia con la clasificación UNESCO-OCDE- Manual de Frascati.